Santa María de Punilla es una localidad favorecida climáticamente en medio del Valle de Punilla en las sierras cordobesas.

El 25 de Junio de 1585, Luis de Abreu de Albornoz recibió dichas tierras en Merced, por entonces llamadas Valle de la Buena Vista, ubicada al sur del Valle de Camín Cosquín, hoy ciudad de Cosquín, y al norte del antiguo valle de Quisquisacate, ocupado actualmente por la localidad de Bialet Massé. El río Cosquín baña la población corriendo de norte a Sur entre los cordones montañosos llamados Sierras Chicas, al este, y Sierras Grandes, al oeste.

Luis de Abreu ocupó las tierras con animales y cultivos. Hacia 1600 ya consta la existencia de un Molino de cereales. El molino consistía en instalaciones auxiliares y en 2 grandes muelas circulares de piedra, movidas por agua del río que llegaba a través de un canal desde el río Cosquín. Dicho molino, reconstruido, se conserva actualmente, y fue declarado primer Monumento Histórico Provincial en 1978. Los restos del Molino y la "Casa del Molino", que hacia 1900 fue sede de la primera escuela de alfabetización de la zona, pueden visitarse en el actualmente denominado balneario "El Pero", al pie de unas altas barrancas producidas por la erosión del río Cosquín, en la zona noreste del centro de la población de Santa María de Punilla.

Hacia 1670 don José de Quevedo recibió en Merced las tierras donde erigió una ermita bajo la advocación de San José. La luego Capilla, actualmente Monumento Histórico Nacional, se levanta a la vera del "Camino a Mallín", entre las ciudades de Cosquín y Tanti. La Capilla San José, en jurisdicción del Municipio de Santa María de Punilla, realiza servicios religiosos periódicamente, y los 19 de Marzo festeja a su santo con una fiesta regional donde se dan cita los paisanos de la comarca cercana y lejana.

En 1896 comenzaron los servicios religiosos en la Capilla San Roque en Villa Bustos, barrio en la parte norte de Santa María de Punilla. En el interior del templo se conservan la imagen del Santo y las Campanas de la anterior Capilla. La Capilla rememora Capillas de la misma advocación que se encontraban en las cercanas tierras del Valle de San Roque, actualmente ocupadas por el Lago San Roque. La Capilla de San Roque en Villa Bustos es la cuarta de una secuencia iniciada en el Valle de San Roque hacia 1670 por la familia Salguero y Cabrera, luego reconstruida en las inmediaciones hacia 1750, siempre en la ancestral Estancia San Roque, que dio nombre al valle. Destruida por el paso de los años, fue reerigida en las cercanías por Pedro Lucas Cabanillas, propietario de la vecina Estancia Santa Leocadia, donde desapareció bajo las aguas del lago San Roque hacia 1888.

A la riqueza de sus templos, Santa María de Punilla suma su privilegiada ubicación climatérica. Hacia 1887, el Ing. Carlos A. Casaffousth, proyectista y director técnico del antiguo Dique San Roque y las obras de riego que facilitaron el crecimiento de Córdoba, compró tierras en la región y construyó un Dique de 130 mts. de largo y 4000 M3 de muro de piedra, canales de riego y un puente sobre el río Cosquín. La planificada plantación de las viñas no prosperó porque Casaffousth perdió sus tierras saldando deudas bancarias, pero dichas instalaciones fueron aprovechadas por el Dr. Fermín Rodríguez, instalando un moderno Sanatorium para Tuberculosos, habida cuenta del excelente clima y solarización de la región. La Estación Climatérica Santa María se inauguró el 24 de Junio de 1900, y a partir de allí la región comenzó su historia al servicio de la Salud Social. Las instalaciones fueron creciendo, y hacia 1920, ya convertida en Hospital Nacional de Tuberculosos atendía miles de enfermos y era el mas eficiente y conocido en la Argentina. Se conservan casi todos los Pabellones e instalaciones auxiliares, actualmente utilizadas por reparticiones Provinciales. La Dirección de Turismo de Santa María de Punilla cuenta con guías especializados y facultados a ingresar a los Predios de la actualmente denominada Colonia Santa María, otrora Hospital Santa María, institución que, con su demanda laboral y generosa hospitalidad, resulta fundadora de la población de Santa María de Punilla.

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